Мисато — полевой командир пилотов Евангелионов, в её обязанности входят оперативное командование и разработка стратегии сражений, а также некоторые бюрократические моменты. Она единственный выживший человек из научной экспедиции под руководством её отца, действия которой спровоцировали Второй Удар. После Второго Удара находилась в тяжёлом шоке, не разговаривала в течение двух лет. Впоследствии служба в NERV превратилась для неё в личную месть.