Изменение микробиома и его ухудшение связаны с появлением следующих заболеваний: депрессией, дерматологическими заболеваниями, заболеваниями органов дыхания, ожирением, диабетом, раком, инфекциями, аутизмом, здоровьем полости рта, сердечными заболеваниями, астмой, пневмонией, ревматоидным артритом и расстройством пищеварения.