فأمر رسول الله صلى الله عليه وسلم ألا يصلي أحد العصر إلا في بني قريظة: ونهض المسلمون، فوافاهم وقت العصر في الطريق، فقال بعض المسلمين: نصلي، ولم نؤمر بتأخيرها عن وقتها. وقال آخرون: لا نصليها إلا حيث أمرنا رسول الله صلى الله عليه وسلم أن نصليها. فذكر أن بعضهم لم يصلوا العصر إلا ليلا؛ فبلغ ذلك رسول الله صلى الله عليه وسلم فلم يعنف من الطائفتين أحدا.
فأعطى رسول الله صلى الله عليه وسلم الراية علي بن أبي طالب رضي الله عنه، واستخلف على المدينة ابن أم مكتوم، ونازل رسول الله صلى الله عليه وسلم حصونهم، فأسمعوا المسلمين سب رسول الله صلى الله عليه وسلم، فلقي علي رسول الله صلى الله عليه وسلم، فعرض له بألا يدنو منهم من أجل ما سمع. فقال له رسول الله صلى الله عليه وسلم لو رأوني لم يقولوا من ذلك شيئا. فلما رأوا النبي صلى الله عليه وسلم أمسكوا عما كانوا يقولون. فنزل رسول الله صلى الله عليه وسلم على بئر من آبارهم يقال لها «بئر أنا» وقيل «بئر أنى» ، وحاصرهم رسول الله صلى الله عليه وسلم خمسا وعشرين ليلة، وعرض عليهم سيدهم كعب بن أسد ثلاث خصال، وهي: إما الإسلام؛ وإما قتل ذراريهم ونسائهم ثم القتال حتى يموتوا؛ وإما تبيت النبي صلى الله عليه وسلم ليلة السبت- ظنا منه أن المسلمين قد أمنوا منهم. وأبو كل ذلك، وأرسلوا إلى رسول الله صلى الله عليه وسلم أن يبعث إليهم أبا لبابة بن عبد المنذر- أخا بني عمرو بن عوف، وكانوا حلفاء الأوس- فأرسله صلى الله عليه وسلم إليهم، فلما أتاهم اجتمع إليه رجالهم والنساء والصبيان، فقالوا له: يا أبا لبابة، أترى أن ننزل على حكم محمد؟ قال: نعم. وأشار إليهم أنه الذبح. ثم ندم أبو لبابة من وقته وعلم أنه قد أذنب، فانطلق على وجهه ولم يرجع إلى النبي صلى الله عليه وسلم، فكتف نفسه إلى عمود من أعمدة المسجد، وقال: لا أبرح مكاني هذا حتى يتوب الله عز وجل علي. وعاهد الله تعالى ألا يدخل أرض بني قريظة أبدا، ولا يكون بأرض خان الله ورسوله فيها وبلغ ذلك رسول الله صلى الله عليه وسلم فقال: لو أتاني لستغفرت له، فأما إذ فعل ما فعل فما أنا بالذى أطلقه من مكانه حتى يتوب الله عليه. فنزلت التوبة على رسول الله صلى الله عليه وسلم في أمر لبابة والآية التي تيب فيها على أبي لبابة هي: (وآخرون اعترفوا بذنوبهم خلطوا عملا صالحا وآخر سيئا عسى الله أن يتوب عليهم إن الله غفور رحيم) (سورة التوبة الآية ١٠٢) ، فتولى رسول الله صلى الله عليه وسلم إطلاقه بيده، وقيل: إنه رضوان الله تعالى عليه أقام مرتبطا بالجذع ست ليال لا يحل إلا للصلاة.
ونزل بنو قريظة على حكم سعد بن معاذ، إذ حكم فيهم بحكم رسول الله صلى الله عليه وسلم. وأسلم ليلة نزولهم ثعلبة وأسيد ابنا سعية، وأسد بن عبيد، وهم نفر من هدل، من بني عم قريظة والنضير.