ICoBi1

#توجه
با توجه به تعطیلی مراکز آموزشی و دانشگاهی در روز ۲۵ آذر، جلسه فردا برگزار نخواهد شد

خلاصه:
تعیین توالی ژنوم موجودات با آنچه که تکنولوژی‌های توالی‌یابی نسل جدید در مقیاس انبوه نامیده می‌شود، یکی از مباحث ‌‎داغ در زیست‌شناسی می‌باشد.
حجم زیاد داده‌های حاصل و هزینه‌ی کم این تکنولوژی‌ها، به‌دست آوردن توالی تعداد بسیار زیادی از قطعات کوتاه در ژنوم موجودات را امکان پذیر می‌‌سازد. با این وجود‏، بازسازی ژنوم با داشتن این قطعات کوتاه مساله‌ای دشوار است که بدون داشتن راه‌حل محاسباتی کارا برای آن نمی‌توان از این داده‌ها استفاده نمود. از این‌رو‏، مساله‌ی سرهم‌سازی ژنوم یکی از اساسی‌ترین مسائل در بیوانفورماتیک است.
در یک دهه‌ی گذشته، الگوریتم‌های مختلفی برای سرهم‌سازی ژنوم از ابتدا و بر اساس مرجع روی داده‌های با طول کوتاه توسعه یافتند که تمرکز اصلی ما بر روی سرهم‌سازی ژنوم بر اساس مرجع می‌باشد. در این کار، چارچوب ‌‎جدیدی ارایه می‌کنیم که کیفیت توالی‌های ژنوم‌ بازسازی شده را از طریق حل مشکل خوانش‌های چندنگاشته، بهبود می‌بخشد.
برای دست‌یابی به این هدف، فضای جستجو برای خوانش‌هایی که به طور نادقیق روی ژنوم نگاشت می‌شوند را کاهش می‌دهیم تا احتمال نگاشت نادرست خوانش‌ها کم شود. ارزیابی نتایج اجرای چارچوب روی مجموعه‌های داده شبیه‌سازی شده و واقعی نشان می‌دهد که نرخ خطای ژنوم‌های بازسازی شده کاهش یافته است. بنابراین می‌توان از این چارچوب به عنوان یک ابزار پس پردازش در سرهم‌سازی ژنوم بهره برد.