Аянами Рей представляет собой таинственную и загадочную фигуру, происхождение которой ставит под сомнение саму её сущность. Она является продуктом генетических экспериментов, проводимых организацией NERV под руководством Гендо Икари. Её создание направлено на цель обеспечить пилотирование боевых единиц Евангелионов в борьбе против ангелов.
Прошлое героини пронизано тайной и интригой, придавая ей загадочный оттенок.