История Saya no Uta повествует о молодом парне по имени Фуминори. Раньше он жил с родителями, проводил время с друзьями, учился в институте, надеялся стать доктором и строил светлые планы о будущем... в общем, вёл обычный образ жизни, особо не задумываясь о том, что это спокойное существование может однажды закончиться.

Но когда Фуминори вместе с семьёй внезапно попал в автокатастрофу - весь его привычный мир оказался мгновенно разрушен. В тот день его отец и мать погибли. Авария оказалась настолько страшной, что их тела были изуродованы до неузнаваемости. Самому Фуминори удалось выжить благодаря хирургам, которые провели сложную операцию и спасли его от смерти. Но с тех пор мир для него навсегда изменился.

В результате серьёзной черепно-мозговой травмы у парня развилось необъяснимое искажение восприятия - и привычная реальность превратилась в кошмарный сон. Теперь все стены и предметы кажутся ему отвратительными грудами мяса, а остальные люди видятся в образе уродливых монстров...