Свежая статья про
LoF (loss-of-function variants). Кстати, есть журнал
NAR Genomics and Bioinformatics, знакомьтесь.
Как пишут авторы: "our results highlight numerous mammals that are ‘natural knockouts’ of human disease genes". Собссна, всё. Поглядели по выравниванию на то, у кого из 62 изученных ими плацентарных отсутствует какой-то из генов. –
Но ведь всё зависит от качества выравнивания, – скажете вы и будете правы.
Предположим, оно прекрасно. Авторы подробно описывают то, как чистили и перевыравнивали данные. Хорошо. Кстати, они считали ген потерянным, если уцелело < 60% его ORF и как минимум в 20% экзонов были инактивирующие мутации. А если это был одноэкзонный ген, то тогда нужны были минимум 2 такие мутации.
Нашли 4 317 генов, которые были потеряны как минимум у одного из видов. В основном эти гены связаны с обонянием и иммунной системой. А ещё "lost genes are enriched in genes that result in no detectable abnormal phenotype in a mouse knockout (Figure 1D), suggesting that these genes are more dispensable than others." А так же "genes that are lost in mammalian evolution, and in particular those that are lost independently, are highly depleted in disease-associated genes and genes performing essential functions.".
Несколько генов всё-таки были известны по своим эффектам на фенотип человека. Им (вроде, их 9 штук) посвящена добрая треть статьи.
Для определения плейотропности использовалась база по мышам. –
Но ведь они могут различаться в плейотропности между разными дельфинами, тенреками и человеком? – спросите вы. Предположим, они не отличаются. В результате, уровень плеойтропии у потерянных генов был низкий.
Что смущает – качество выравнивания (но мы решили, что оно прекрасно), поиск плейотропности, и особенно мне не нравится то, что они брали случаи, когда у 1 организма отсутствовал ген.
https://academic.oup.com/nargab/article/2/1/lqz012/5606587
