Ууъ! Понял, как программно во FreeCAD программно (через Python) удалить избыточные ограничения (constraints) — у объекта Sketch есть метод autoRemoveRedundants — если его вызвать, он делает как раз то, что нужно.

В итоге, программно удаление избыточных ограничений можно сделать так:
Gui.runCommand('Sketcher_SelectRedundantConstraints', 0)
for sketch in Gui.Selection.getSelection():
sketch.autoRemoveRedundants()