عمل الداخلي في سوريا لأنه يقطع الشريان الصغير الوحيد. لم تستجب بعض الكوادر العاملة لهذا الأمر حيث كانت الرغبة جامحة في العمل ضد النظام.
اختلط العمل الداخلي مع العمل لخط العراق مما جعل النظام يرتاب من كل من يعمل لخط العراق، وبدأت الاعتقالات تنال الجميع و بلغت ذروتها في عام 2006- 2007 والذي شهد اعتقالات مكثفة. وأصبح السجن الذي لم يزد نزلاؤه على المئات مكتظاً بالسجناء ومن الإسلاميين فقط أكثر من 1400 كانت هناك عدة دعاوي للقاعدة من حلب (زكريا عفش) ودعوة مخيم اليرموك من الفلسطينيين. والكثير من الجهاديين كان من جماعة أبو القعقاع أغاسي الرجل المشهور والذي قتل لاحقاً بتهمة العمالة للنظام. نحن الآن وصلنا إلى نهاية عام 2007 بداية 2008 حيث امتلأت خريطة صيدنايا من السجناء.