Dars 6-davomi: GROMACS: model sistemaga ionlar qo’shish. Gromacs bazasida boshqa ionlar ham mavjud. Quydagi komandani yozib bazadagi barcha ionlarni ko'rishingiz mumkin:
vi /usr/share/gromacs/top/oplsaa.ff/ions.itp
Qo'shimcha mashq uchun: sistemaga boshqa turdagi ionlarni qo'shib modellashtirib ko'ring. Batafsil ma'lumot GROMACS manualida keltirilgan.