Акелла промахнулся.
Часть 1.
Мы вернулись (будто бы мы уходили 😀)! А значит, пора наконец поднять вопрос, который приличные интерпретаторы обычно аккуратно заметают под коврик.
В этот раз речь пойдёт не про про то, какие мы крутые и как лихо справляемся с трудностями 😎. Сегодня мы частично ответим на вопрос уважаемых зрителей нашей телепередачи про ошибки и миссдиагностику.
Но сначала о том, какие ошибки вообще бывают в интерпретации:
🤩Неточности и ограничения пайплайнов и аннотаций.
Инструменты меняются, версии обновляются. Например, потеря экзонов как low impact у VEP. Или один и тот же ген может фигурировать под разными названиями в OMIM и в аннотации, а при фильтрации он загадочным образом пропадает.
🤩Ошибка новичка.
Болезненно, неприятно, но неизбежно.
🤩Невнимательность.
Поток образцов, дедлайны, рутина. «Потом пересмотрю» – как невыполненное обещание.
🤩Недостаточная профессиональная компетентность.
Формальное знание ACMG и спецификаций, работа по шорт-листу аннотированных вариантов, вера в автоматическую аннотацию и игнорирование факта существования BAM-файла.
🤩Технические и лабораторные ошибки, которые интерпретатору сложно или невозможно отследить: перепутанные пробирки, контаминация плода материнским материалом на 80+%, отсутствие критически важной клинической информации в направлении и ещё много-много другого.
Ошибаются все. Вопрос лишь в том, какие выводы вы делаете и как потом с этим работаете. Но об этом позже, а пока – кейс.
Ребёнок с поражением нескольких органов и специфической клиникой, очень похожей на конкретный синдром. Назначение эффективной терапии напрямую зависит от «генетики»:
есть синдром – есть терапия, нет синдрома – нет терапии. Пациенту выполняется WES.
По результатам – находок нет, диагноза нет.
Через год пациенту делают ХМА. Обнаруживается небольшая CNV с вовлечением нескольких экзонов того самого специфичного гена.
При пересмотре данных WES руками и глазами как минимум в пределах искомого гена CNV вполне себе видно.
Никто не умер. Диагноз поставлен. Но время потеряно.
Простые истины (задним числом), как этого можно было избежать:
🤩Посмотреть литературу. Если для гена описаны CNV – это уже повод целенаправленно поискать их.
🤩Ходить «пешком» по BAM и сравнивать покрытие с другими образцами (в идеале – из того же запуска).
🤩Иметь под рукой CNV-пайплайн для WES. Во многих лабораториях он формально есть. Очень хочется верить, что не только «для галочки».
Это не единственный факап, который может случиться. В следующем посте поговорим о другой легендарной и популярной категории ошибок: варианты с низким качеством 💩, в которые очень хотелось поверить, но в итоге на Сэнгере не подтвердились.
А пока приглашаем в комментарии покаяться🥰.
Рассказывайте:
🤩про свои ошибки,
🤩про чужие ошибки,
🤩про кейсы, которые до сих пор преследуют в кошмарах.
Мы слушаем и мы не осуждаем! Осуждать будут в закрытых чатах 😀
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Часть 1.
Мы вернулись (будто бы мы уходили 😀)! А значит, пора наконец поднять вопрос, который приличные интерпретаторы обычно аккуратно заметают под коврик.
В этот раз речь пойдёт не про про то, какие мы крутые и как лихо справляемся с трудностями 😎. Сегодня мы частично ответим на вопрос уважаемых зрителей нашей телепередачи про ошибки и миссдиагностику.
Но сначала о том, какие ошибки вообще бывают в интерпретации:
🤩Неточности и ограничения пайплайнов и аннотаций.
Инструменты меняются, версии обновляются. Например, потеря экзонов как low impact у VEP. Или один и тот же ген может фигурировать под разными названиями в OMIM и в аннотации, а при фильтрации он загадочным образом пропадает.
🤩Ошибка новичка.
Болезненно, неприятно, но неизбежно.
🤩Невнимательность.
Поток образцов, дедлайны, рутина. «Потом пересмотрю» – как невыполненное обещание.
🤩Недостаточная профессиональная компетентность.
Формальное знание ACMG и спецификаций, работа по шорт-листу аннотированных вариантов, вера в автоматическую аннотацию и игнорирование факта существования BAM-файла.
🤩Технические и лабораторные ошибки, которые интерпретатору сложно или невозможно отследить: перепутанные пробирки, контаминация плода материнским материалом на 80+%, отсутствие критически важной клинической информации в направлении и ещё много-много другого.
Ошибаются все. Вопрос лишь в том, какие выводы вы делаете и как потом с этим работаете. Но об этом позже, а пока – кейс.
Ребёнок с поражением нескольких органов и специфической клиникой, очень похожей на конкретный синдром. Назначение эффективной терапии напрямую зависит от «генетики»:
есть синдром – есть терапия, нет синдрома – нет терапии. Пациенту выполняется WES.
По результатам – находок нет, диагноза нет.
Через год пациенту делают ХМА. Обнаруживается небольшая CNV с вовлечением нескольких экзонов того самого специфичного гена.
При пересмотре данных WES руками и глазами как минимум в пределах искомого гена CNV вполне себе видно.
Никто не умер. Диагноз поставлен. Но время потеряно.
Простые истины (задним числом), как этого можно было избежать:
🤩Посмотреть литературу. Если для гена описаны CNV – это уже повод целенаправленно поискать их.
🤩Ходить «пешком» по BAM и сравнивать покрытие с другими образцами (в идеале – из того же запуска).
🤩Иметь под рукой CNV-пайплайн для WES. Во многих лабораториях он формально есть. Очень хочется верить, что не только «для галочки».
Это не единственный факап, который может случиться. В следующем посте поговорим о другой легендарной и популярной категории ошибок: варианты с низким качеством 💩, в которые очень хотелось поверить, но в итоге на Сэнгере не подтвердились.
А пока приглашаем в комментарии покаяться🥰.
Рассказывайте:
🤩про свои ошибки,
🤩про чужие ошибки,
🤩про кейсы, которые до сих пор преследуют в кошмарах.
Мы слушаем и мы не осуждаем! Осуждать будут в закрытых чатах 😀
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора