Акела промахнулся (еще раз)
Один маленький, но очень самоуверенный анонимный интерпретатор увидел вариант, идеально подходящий по фенотипу и к тому же 🟠. Интерпретатор настолько поверил в себя, что закрыл глаза на то, что у варианта всего два прочтения (пусть и разнонаправленных). Долго томить не будем: вариант не подтвердился на Сэнгере😓.
И вот тут самое время растечься мыслью по древу и начать душный философский разговор про «хороший, плохой, злой» вариант, а заодно - про качество, насмотренность и самоуверенность.
🥰 «Хороший вариант»
Качественный вариант - это не «многа ридаф», а совокупность признаков:
💛поддержка с обеих цепей без strand bias,
💛адекватные метрики качества и нормальное выравнивание,
💛отсутствие систематических/технических ограничений и ошибок в регионе,
💛поведение на BAM воспроизводимо и понятно,
💛он согласуется с клиникой и типом наследования.
🤬 «Плохой» вариант
Когда вариант низкокачественный? Загибаем пальцы:
💛1-2 прочтения,
💛VAF на грани чувствительности,
💛шумный или сложный регион (повторы, псевдогены, GC-безумие),
💛strand bias,
💛грязный BAM и слабые метрики.
Такой вариант:
💛держится только на честном слове интерпретатора,
💛«как будто похож» по фенотипу», но фенотип не специфичный,
💛выносится по принципу «ну мало ли? мы ж всей клиники не видим!!!»,
💛иногда просто проигнорирован на BAM,
💛еще хуже, если это слабый VUS.
😡 «Злой» вариант
Не тот, за кого себя выдает! Это вариант, который:
💛выглядит как мусор,
💛имеет низкий VAF,
💛может не подтверждаться Сэнгером,
💛сидит в плохо покрытом и/или сложном регионе,
...но при этом реально существует и является причиной заболевания.
Чаще всего это:
💛мозаицизм
Один маленький, но очень самоуверенный анонимный интерпретатор увидел вариант, идеально подходящий по фенотипу и к тому же 🟠. Интерпретатор настолько поверил в себя, что закрыл глаза на то, что у варианта всего два прочтения (пусть и разнонаправленных). Долго томить не будем: вариант не подтвердился на Сэнгере😓.
И вот тут самое время растечься мыслью по древу и начать душный философский разговор про «хороший, плохой, злой» вариант, а заодно - про качество, насмотренность и самоуверенность.
🥰 «Хороший вариант»
Качественный вариант - это не «многа ридаф», а совокупность признаков:
💛поддержка с обеих цепей без strand bias,
💛адекватные метрики качества и нормальное выравнивание,
💛отсутствие систематических/технических ограничений и ошибок в регионе,
💛поведение на BAM воспроизводимо и понятно,
💛он согласуется с клиникой и типом наследования.
🤬 «Плохой» вариант
Когда вариант низкокачественный? Загибаем пальцы:
💛1-2 прочтения,
💛VAF на грани чувствительности,
💛шумный или сложный регион (повторы, псевдогены, GC-безумие),
💛strand bias,
💛грязный BAM и слабые метрики.
Такой вариант:
💛держится только на честном слове интерпретатора,
💛«как будто похож» по фенотипу», но фенотип не специфичный,
💛выносится по принципу «ну мало ли? мы ж всей клиники не видим!!!»,
💛иногда просто проигнорирован на BAM,
💛еще хуже, если это слабый VUS.
😡 «Злой» вариант
Не тот, за кого себя выдает! Это вариант, который:
💛выглядит как мусор,
💛имеет низкий VAF,
💛может не подтверждаться Сэнгером,
💛сидит в плохо покрытом и/или сложном регионе,
...но при этом реально существует и является причиной заболевания.
Чаще всего это:
💛мозаицизм