Бро, LOH, ROH, AOH и тд...
LOH (loss of heterozygosity) участки потери гетерозиготности или они же ROH (large regions of homozygosity) «длинные» участки гомозиготности - это протяженные области, где нет гетерозиготных вариантов, сплошные гомозиготы 😎
Сразу дисклеймер: LOH в данном посте мы будем рассматривать только в контексте диагностики орфанных заболеваний. Онкологию затрагивать не будем (не наша поляна).
LOH могут быть как копийно-нейтральными (LOH-CN), так и свидетельствовать о наличии делеции в области LOH. Мы поговорим о первых (далее LOH-CN) в контексте интерпретации.
О чем наличие LOH-CN может нам говорить:
🔘Ни о чем - иногда это просто «нормальный фон». LOH малого размера распространены в геноме;
🔘Однородительская дисомия (UPD) - в зависимости от размера и локализации, может быть как изодисомия, так и гетеродисомия;
🔘Близкородственный брак - оставим без комментариев, ибо можно неосторожно влезть в область, которая не касается интерпретации 💩. Но отметим, что в этом контексте искать UPD на WES или WGS - задача почти неподъемная.
Важно: LOH ≠ UPD. Это алгоритмический результат пайплайна и лишь гипотеза, требующая интерпретации и дальнейшего подтверждения.
Какие LOH ACMG и другие предлагают сообщать:
🔘интерстициальные >10 МБ;
🔘терминальные >5 МБ;
🔘суммарную долю LOH по всему геному >3%.
Зачем их искать и как интерпретировать?
В первую очередь, следует искать LOH в областях, где локализованы известные импринтинговые синдромы, особенно если это подходит под фенотип (или был запрос на поиск от направившего врача). Без клиники и подтверждения LOH не мамонт - это не диагноз.
Ключевые регионы, на которые стоит обращать внимание:
🔘15q11–q13 синдром Прадера-Вилли/синдром Ангельмана;
🔘11p15 синдром Беквита-Видемана/синдром Сильвера-Рассела;
🔘7q32 синдром Сильвера-Рассела;
🔘14q32 синдром Тэмпл/синдром Кагами-Огата;
🔘6q24 транзиторный неонатальный диабет;
🔘20q13 GNAS-ассоциированные заболевания.
Кроме того, в протяженных LOH могут находиться гомозиготные рецессивные варианты известных или ещё не описанных синдромов.
Остались вопросы..? Приходите на Genetico.FBI 12 февраля (не реклама конференции! она ещё и платная 👎), где Дима подробнее разберет эту тему.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
LOH (loss of heterozygosity) участки потери гетерозиготности или они же ROH (large regions of homozygosity) «длинные» участки гомозиготности - это протяженные области, где нет гетерозиготных вариантов, сплошные гомозиготы 😎
Сразу дисклеймер: LOH в данном посте мы будем рассматривать только в контексте диагностики орфанных заболеваний. Онкологию затрагивать не будем (не наша поляна).
LOH могут быть как копийно-нейтральными (LOH-CN), так и свидетельствовать о наличии делеции в области LOH. Мы поговорим о первых (далее LOH-CN) в контексте интерпретации.
О чем наличие LOH-CN может нам говорить:
🔘Ни о чем - иногда это просто «нормальный фон». LOH малого размера распространены в геноме;
🔘Однородительская дисомия (UPD) - в зависимости от размера и локализации, может быть как изодисомия, так и гетеродисомия;
🔘Близкородственный брак - оставим без комментариев, ибо можно неосторожно влезть в область, которая не касается интерпретации 💩. Но отметим, что в этом контексте искать UPD на WES или WGS - задача почти неподъемная.
Важно: LOH ≠ UPD. Это алгоритмический результат пайплайна и лишь гипотеза, требующая интерпретации и дальнейшего подтверждения.
Какие LOH ACMG и другие предлагают сообщать:
🔘интерстициальные >10 МБ;
🔘терминальные >5 МБ;
🔘суммарную долю LOH по всему геному >3%.
Зачем их искать и как интерпретировать?
В первую очередь, следует искать LOH в областях, где локализованы известные импринтинговые синдромы, особенно если это подходит под фенотип (или был запрос на поиск от направившего врача). Без клиники и подтверждения LOH не мамонт - это не диагноз.
Ключевые регионы, на которые стоит обращать внимание:
🔘15q11–q13 синдром Прадера-Вилли/синдром Ангельмана;
🔘11p15 синдром Беквита-Видемана/синдром Сильвера-Рассела;
🔘7q32 синдром Сильвера-Рассела;
🔘14q32 синдром Тэмпл/синдром Кагами-Огата;
🔘6q24 транзиторный неонатальный диабет;
🔘20q13 GNAS-ассоциированные заболевания.
Кроме того, в протяженных LOH могут находиться гомозиготные рецессивные варианты известных или ещё не описанных синдромов.
Остались вопросы..? Приходите на Genetico.FBI 12 февраля (не реклама конференции! она ещё и платная 👎), где Дима подробнее разберет эту тему.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора