Дабл-каунт в интерпретации
Одна из самых частых причин завышенной патогенности - банальный двойной подсчёт критериев (double count, далее - дабл-каунт). Вы все видели это в Клинваре и в статьях, а может, и в заключениях уважаемых коллег. Особенно сейчас, когда ACMG V4 все еще прогревает нас своим выходом на большие экраны, но уже есть нагромождение рекомендаций друг на друга и ранжирование критериев по силе.
Сначала вспомним базу Tavtigian et al. 2020:
🟣 ВУС: 0-5 баллов
🟠 Вероятно патогенный: 6-9 баллов
🔴 Патогенный: ≥10 баллов
Чтобы понять, какие критерии нельзя считать вместе, нужно разобраться, сколько они «весят».
Да, есть калькуляторы (вот красивый по классическому ACMG, а во Franklin есть возможность вручную ранжировать силу критериев). Но если не знать, что у них под капотом, легко натянуть VUS на LP, а неописанный pLOF на Pat.
Сколько дают баллов дают критерии:
🔘Supporting - 1 балл (PP1, PP2, PP3, PP4).
Важно: PM2 (частота) разжаловали в Supporting, а PP5 в приличном обществе больше не добавляет баллов.
🔘Moderate - 2 балла (PM1, PM3, PM4, PM5, PM6)
🔘Strong - 4 балла (PS1, PS2, PS3, PS4)
🔘Very Strong - 8 баллов (PVS1)
Важно: критерии можно, а иногда и нужно ранжировать по силе:
🔘PVS1 - это не всегда 8 баллов (посты про айсберг PVS1 раз, два, три). Есть PVS1_supp, PVS1_mod и т.д.
🔘PP3 тоже можно калибровать. Теоретически - до Moderate и Strong. Практически - лучше оставлять Supporting, если нет отдельных спецификаций от ClinGen. Иначе можно легко наплодить верпатов.
Это только примеры, у других критериев тоже существует ранжирование по силе. Держим это в голове! Подробно разберём отдельно как-нибудь в другой раз.
🏴Зачем вообще запрет на дабл-каунт?
Чтобы не завышать патогенность и оставить в покое сов и глобусы. Некоторые критерии описывают одну и ту же биологическую гипотезу. Если сложить их, получается искусственное усиление. (VUS → LP, LP → P)
Классически ловушки:
➡️ PP3 (предикторы) + PVS1 (LOF)
LOF уже учтён в PVS1, предикторы не добавляем. Канонический сайт сплайсинга - тоже нет. Да, SpliceAI предсказывает, но считать его не надо.
➡️ PM5 (другая АК описана как LPAT/PAT) + PM1 (хот-спот)
Оба критерия про критичность белковой позиции. PM5 более специфичен - выбираем его.
➡️ PVS1 (LOF) + PM4 (изменение длины белка)
Выбираем тот критерий, который соответствует молекулярному механизму (см. дерево принятия решений по PVS1)
➡️ PS3 (функциональные исследования) + PP3 (предикторы)
Есть качественное функциональное исследование? Предсказали уже не усиливают доказательство.
➡️ PS1 (такая же АК описана как LPAT/PAT) + PM5 (другая АК описана как LPAT/PAT)
Если применим PS1, PM5 не добавляем. Выбираем более сильный критерий.
❗️Главное правило
Если два критерия:
🔘основаны на одной биологической логике
🔘подтверждают одну и ту же гипотезу
🔘не являются независимыми линиями доказательств
- это дабл-каунт, независимо от их силы.
Еще один важный момент:
Даже если вы не сложили баллы в калькуляторе и не учитывали их в интерпретации варианта, но в текстовом описании перечислили оба зависимых критерия - это может создать ложное впечатление у читающего (коллеги, рецензента, себя из будущего). Поэтому:
🔘Если вы не применяете PP3 к варианту в каноническом сайте сплайсинга - не пишите в тексте про вердикт SpliceAI.
🔘Если вы не применяете PP3 вместе с PS3 - не перечисляйте предикторы в тексте у хорошо известного патогенного варианта с качественным функциональным исследованием.
Текст заключения - это не просто перечень всего, что видите. Это расшифровка того, что реально пошло в подсчёт баллов и является доказательством патогенности. Лишние критерии в тексте - это скрытый дабл-каунт, даже если вы его не посчитали.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Одна из самых частых причин завышенной патогенности - банальный двойной подсчёт критериев (double count, далее - дабл-каунт). Вы все видели это в Клинваре и в статьях, а может, и в заключениях уважаемых коллег. Особенно сейчас, когда ACMG V4 все еще прогревает нас своим выходом на большие экраны, но уже есть нагромождение рекомендаций друг на друга и ранжирование критериев по силе.
Сначала вспомним базу Tavtigian et al. 2020:
🟣 ВУС: 0-5 баллов
🟠 Вероятно патогенный: 6-9 баллов
🔴 Патогенный: ≥10 баллов
Чтобы понять, какие критерии нельзя считать вместе, нужно разобраться, сколько они «весят».
Да, есть калькуляторы (вот красивый по классическому ACMG, а во Franklin есть возможность вручную ранжировать силу критериев). Но если не знать, что у них под капотом, легко натянуть VUS на LP, а неописанный pLOF на Pat.
Сколько дают баллов дают критерии:
🔘Supporting - 1 балл (PP1, PP2, PP3, PP4).
Важно: PM2 (частота) разжаловали в Supporting, а PP5 в приличном обществе больше не добавляет баллов.
🔘Moderate - 2 балла (PM1, PM3, PM4, PM5, PM6)
🔘Strong - 4 балла (PS1, PS2, PS3, PS4)
🔘Very Strong - 8 баллов (PVS1)
Важно: критерии можно, а иногда и нужно ранжировать по силе:
🔘PVS1 - это не всегда 8 баллов (посты про айсберг PVS1 раз, два, три). Есть PVS1_supp, PVS1_mod и т.д.
🔘PP3 тоже можно калибровать. Теоретически - до Moderate и Strong. Практически - лучше оставлять Supporting, если нет отдельных спецификаций от ClinGen. Иначе можно легко наплодить верпатов.
Это только примеры, у других критериев тоже существует ранжирование по силе. Держим это в голове! Подробно разберём отдельно как-нибудь в другой раз.
🏴Зачем вообще запрет на дабл-каунт?
Чтобы не завышать патогенность и оставить в покое сов и глобусы. Некоторые критерии описывают одну и ту же биологическую гипотезу. Если сложить их, получается искусственное усиление. (VUS → LP, LP → P)
Классически ловушки:
➡️ PP3 (предикторы) + PVS1 (LOF)
LOF уже учтён в PVS1, предикторы не добавляем. Канонический сайт сплайсинга - тоже нет. Да, SpliceAI предсказывает, но считать его не надо.
➡️ PM5 (другая АК описана как LPAT/PAT) + PM1 (хот-спот)
Оба критерия про критичность белковой позиции. PM5 более специфичен - выбираем его.
➡️ PVS1 (LOF) + PM4 (изменение длины белка)
Выбираем тот критерий, который соответствует молекулярному механизму (см. дерево принятия решений по PVS1)
➡️ PS3 (функциональные исследования) + PP3 (предикторы)
Есть качественное функциональное исследование? Предсказали уже не усиливают доказательство.
➡️ PS1 (такая же АК описана как LPAT/PAT) + PM5 (другая АК описана как LPAT/PAT)
Если применим PS1, PM5 не добавляем. Выбираем более сильный критерий.
❗️Главное правило
Если два критерия:
🔘основаны на одной биологической логике
🔘подтверждают одну и ту же гипотезу
🔘не являются независимыми линиями доказательств
- это дабл-каунт, независимо от их силы.
Еще один важный момент:
Даже если вы не сложили баллы в калькуляторе и не учитывали их в интерпретации варианта, но в текстовом описании перечислили оба зависимых критерия - это может создать ложное впечатление у читающего (коллеги, рецензента, себя из будущего). Поэтому:
🔘Если вы не применяете PP3 к варианту в каноническом сайте сплайсинга - не пишите в тексте про вердикт SpliceAI.
🔘Если вы не применяете PP3 вместе с PS3 - не перечисляйте предикторы в тексте у хорошо известного патогенного варианта с качественным функциональным исследованием.
Текст заключения - это не просто перечень всего, что видите. Это расшифровка того, что реально пошло в подсчёт баллов и является доказательством патогенности. Лишние критерии в тексте - это скрытый дабл-каунт, даже если вы его не посчитали.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора