GDV. Часть 1
Каждый интерпретатор при анализе данных сталкивался с абсурдной ситуацией: в OMIM - одно заболевание, в Orphanet - другое, в DECIPHER - их вообще два😓. Почему так? Потому что базы наполняли в разные годы разными людьми с разным чувством прекрасного. А еще - информацией очень разного качества (иногда - сомнительного). Поэтому задача разобраться какой ген с каким заболеванием связан и насколько надежно иногда превращается в детектив.
Чтобы облегчить задачу, наши лучшие друзья из ClinGen придумали курировать клиническую валидность пар ген-заболевание (Gene-Disease Clinical Validity, GDV). Суть GDV в том, чтобы собрать воедино все факты и ответить на вопрос: насколько убедительны доказательства того, что варианты в конкретном гене вызывают (или не вызывают) конкретное генетическое заболевание?
И хотелось бы дальше рассказать про силу GDV, критерии и баллы, но нет!
Вы обращали внимание, что некоторые пары ген-заболевание объединены в одну нозологию как спектр, а другие - разделены на несколько? Зачем это?
А затем, чтобы выделить для каких генов-заболеваний оценивается GDV.
Этот процесс ClinGen назвали "Lumping and Splitting" ("объединение и разделение") - предварительная курация генов и заболеваний.
Чуть-чуть углубимся, просто не будет.
Ключевые критерии оценки:
1. Определение нозологической единицы
Одно или несколько заболеваний связано с данным геном (OMIM, GeneReview, Orphanet, литература и тд)?
2. Определение молекулярного механизма
Если нозологий несколько, единый или разный механизм развития (LoF, GoF, etc)?
3. Определение вариабельности фенотипа
Проявляется ли одинаково фенотип у пациентов внутри одной семьи и в разных семьях или по-разному?
4. Определение типа наследования
Для разных нозологий определяется один тип наследования или разные? Возможно, это континуум?
Когда объединяют?
💛Описана только одна нозология.
💛Механизм развития заболевания единый для разных нозологий.
💛Внутрисемейная вариабельность клиники выражена сильнее межсемейной.
💛Отличия в типах наследования объясняются спектром клиники (легкая клиника у носителей гетерозигот при АР синдромах, тяжелая клиника у гомозигот при АД синдромах).
💛Разные нозологии поражают один и тот же орган.
Когда разделяют?
💛Описано больше одной нозологии, и у каждой - свой механизм.
💛Типы наследования четко различаются, и фенотипы при этом разные.
Например, для гена MED12 произошло объединение трех из четырех фенотипов в одну нозологию - MED12-related intellectual disability syndrome, потому что выделяется основной фенотип, отмечается один тип наследования и механизм развития.
А для гена RET фенотипы MEN2A и MEN2B были разделены (хотя и в OMIM они разделены) - для них наблюдается разный фенотип и механизм развития.
Сложно? Да. Муторно? Да. Будет ли рядовой интерпретатор разбираться с этим? Нет 😎, но очень интересно. И крайне важно для врачей и пациентов.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора
Каждый интерпретатор при анализе данных сталкивался с абсурдной ситуацией: в OMIM - одно заболевание, в Orphanet - другое, в DECIPHER - их вообще два😓. Почему так? Потому что базы наполняли в разные годы разными людьми с разным чувством прекрасного. А еще - информацией очень разного качества (иногда - сомнительного). Поэтому задача разобраться какой ген с каким заболеванием связан и насколько надежно иногда превращается в детектив.
Чтобы облегчить задачу, наши лучшие друзья из ClinGen придумали курировать клиническую валидность пар ген-заболевание (Gene-Disease Clinical Validity, GDV). Суть GDV в том, чтобы собрать воедино все факты и ответить на вопрос: насколько убедительны доказательства того, что варианты в конкретном гене вызывают (или не вызывают) конкретное генетическое заболевание?
И хотелось бы дальше рассказать про силу GDV, критерии и баллы, но нет!
Вы обращали внимание, что некоторые пары ген-заболевание объединены в одну нозологию как спектр, а другие - разделены на несколько? Зачем это?
А затем, чтобы выделить для каких генов-заболеваний оценивается GDV.
Этот процесс ClinGen назвали "Lumping and Splitting" ("объединение и разделение") - предварительная курация генов и заболеваний.
Чуть-чуть углубимся, просто не будет.
Ключевые критерии оценки:
1. Определение нозологической единицы
Одно или несколько заболеваний связано с данным геном (OMIM, GeneReview, Orphanet, литература и тд)?
2. Определение молекулярного механизма
Если нозологий несколько, единый или разный механизм развития (LoF, GoF, etc)?
3. Определение вариабельности фенотипа
Проявляется ли одинаково фенотип у пациентов внутри одной семьи и в разных семьях или по-разному?
4. Определение типа наследования
Для разных нозологий определяется один тип наследования или разные? Возможно, это континуум?
Когда объединяют?
💛Описана только одна нозология.
💛Механизм развития заболевания единый для разных нозологий.
💛Внутрисемейная вариабельность клиники выражена сильнее межсемейной.
💛Отличия в типах наследования объясняются спектром клиники (легкая клиника у носителей гетерозигот при АР синдромах, тяжелая клиника у гомозигот при АД синдромах).
💛Разные нозологии поражают один и тот же орган.
Когда разделяют?
💛Описано больше одной нозологии, и у каждой - свой механизм.
💛Типы наследования четко различаются, и фенотипы при этом разные.
Например, для гена MED12 произошло объединение трех из четырех фенотипов в одну нозологию - MED12-related intellectual disability syndrome, потому что выделяется основной фенотип, отмечается один тип наследования и механизм развития.
А для гена RET фенотипы MEN2A и MEN2B были разделены (хотя и в OMIM они разделены) - для них наблюдается разный фенотип и механизм развития.
Сложно? Да. Муторно? Да. Будет ли рядовой интерпретатор разбираться с этим? Нет 😎, но очень интересно. И крайне важно для врачей и пациентов.
Думайте. Подписаться.
Скука интерпретатора