خلفا و وزرای دوستدار علم و حكمت نيز متهم به كفر و زندقه بودند

مامون را به دليل دوستداری علم و علما متهم به زندقه نموده {۱۰۸} و به او لقب امير الكافرين داده بودند {۱۰۹} 

محمد بن عبدالمالك الزيات وزير معتصم و واثق از باب علاقه‌ايی كه به علوم و ترجمه كتب داشت ملحد شمرده مي‌شد {۱۱۰}

ابوريحان بيرونی دانشمند و فیلسوف شهیر نيز متهم به الحاد شدند و عمر خيام برای اثبات دينداريش به مكه رفت {۱۱۱}

علی بن عبيدة الريحانی از فصحا و فضلای معاصر مامون كه در تاليفات و تصنيفات خود طريق حكمت می‌پيمود، متهم به زندقه بود {۱۱۲}

خاندان برامكه كه نقش زيادی در رونق علم در تمدن‌اسلامی داشتند و مجالس مناظره و مجادله در منازل خود ترتيب ميدادند، متهم به زندقه بودند {۱۱۳} و به همین جرم قتل عام شدند