Eine Reihe neurodegenerativer Erkrankungen stehen im Zusammenhang mit den Ablagerungen bestimmter Proteine im Gehirn. So sind Ablagerungen des Tau-Proteins und Beta-Amyloids mit der Alzheimer-Krankheit assoziiert, was auf eine Einschränkung des glymphatischen Systems hindeutet. Es wird zudem vermutet, dass Schädigungen des Systems - sei es durch das Altern oder durch Traumata - ebenfalls im Zusammenhang mit Erkrankungen wie Alzheimer, Morbus Parkinson, amytropher Lateralsklerose und der chronisch traumatischen Enzephalopathie (CTE) stehen.
Zusätzlich wurde in der Vergangenheit gezeigt, dass Schlafstörungen und Schlafmangel zur Ablagerung der Proteine führt und die Wahrscheinlichkeit für neurodegenerative Erkrankungen erhöht.

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