Албатта бундан ёв қўшинлари хабар топиб, Шайбонийхон Ҳуросонга бостириб кирди. Мамлакатдаги тартибсизликлар, ўз ўғлининг отасига қарши бориши, Шайбонийхоннинг бостириб келаётгани, барча-барчаси охир-окибатда Ҳусайн Бойқарони йиқитди. У 1506-йилнинг 5-майида касаллигидан вафот этгани маълум килинди. Муҳаммад Шайбонийхон кўшинлари бостириб келаётганлиги боис шоҳнинг ўлимига сарой аъёнлари ортиқча эътибор бериб ўтиришмади. Ҳусайн Бойкарони мадраса ичига омонатгина дафн этиб, ёвга карши курашда давом этдилар.

Орадан маълум вақт ўтиб, мамлакатда осойишталик ҳукмрон бўлгач, Бадиуззамоннинг буйруғи билан отасининг қабри бошка мозорга кўйиш максадида очилди. Очишди-ю ҳайратдан донг қотиб қолишди. Марҳум подшоҳ қабрда юзтубан ётар, устидаги кафан тушиб кетган, кабр деворлари тимдаланган эди.
Кейинчалик маълум бўлишича, касаллик туфайли подшонинг томирлари уришдан тўхтаган, гўёки жони узилгандек эди. Саройдагилар уруш сабаб бўлиб, уни омонатгина кўмиб юборишгач, совук қабрда ўзига келган. Лаҳаддан чиқишга кўп бора уринган, лекин иложини қила олмагач, жон таслим килган.
Ҳусайн Бойқаронинг жасади Хиротда ўзи қурдирган мадраса ичига дафн килинди. Қабрга мусаввир Камолиддин Бехзоднинг лойихаси асосида «Санги хафт қалам» номли мармартош ўрнатилган. Шоҳнинг хаёти мана шундай якун топди. Агар у хотини Хадичабегимнинг макр-хийлаларига асир бўлиб, бегуноҳ инсонларнинг қонини тўкмаганида, балки, бундайин аянчли ўлим топмасмиди.